O Grupo de Trabalho da Bacia do Tapajós (GT Tapajós) foi instituído por meio da Portaria nº 832/2016-MP/PGJ com o objetivo de, em cooperação com as Promotorias de Justiça locais, atuar, tanto na esfera judicial quanto na esfera extrajudicial, na prevenção, remediação, compensação e responsabilização de danos agroambientais de cunho regional:
a) Em razão da instalação de empreendimentos de infraestrutura multimodal destinados ao transporte de grãos e commodities, incluindo terminais portuários e de transbordo de cargas utilizando-se a hidrovia Tapajós - Amazonas, ferrovia e BR 163;
b) Pela utilização dos recursos naturais para geração de energia de qualquer natureza;
c) Pela implantação de projetos de exploração florestal e do agronegócio;
d) Em decorrência de atividades de mineração e garimpagem;
e) Por empreendimentos de qualquer outra natureza, que por sua dimensão ou objeto, ponham em risco ou impactem de forma negativa a região;
f) Pela inércia do poder público, ou inexistência de ações de governo, em todos os níveis, voltadas para o atendimento de direitos socioambientais ou prevenção de danos causados à região pelos empreendimentos acima referidos.
O GT Tapajós é composto pelos Promotores de Justiça com atuação nos municípios que integram a Bacia Hidrográfica do Tapajós (Juruti, Santarém, Belterra, Mojuí dos Campos, Aveiro, Placas, Itaituba, Rurópolis, Trairão, Jacareacanga e Novo Progresso).
A Coordenação Geral do grupo é realizada conjuntamente pelo Centro de Apoio Operacional do Meio Ambiente (coordenação ambiental) e pelo Centro de Apoio Operacional Cível (coordenação agrária e fundiária), contando ainda com Coordenações Regionais exercidas por membros do Ministério Público designados pelo Procurador-Geral de Justiça.